莫干黄芽茶の製造工程は非常に繊細で、清明節前のお茶の新芽や毛尖を原料として選びます。初夏に摘み取られたものは梅尖、7月や8月に摘み取られたものは秋白と呼ばれますが、清明節前のお茶の新芽が最も品質が良いとされています。通常は一芯一葉または一芯二葉を摘み、選別や等級別の均しを経て、殺青、軽揉、微悶黄、炒二青、乾燥、ふるい分けなど一連の工程を行います。一般的な黄茶と製造工程は似ていますが、ハスの芯のような茶葉の形を整えるために、特に「軽揉」を重視しています。新芽や若葉の産毛が顕著で、お茶の水色が明るければ、それは莫干黄芽の中でも最高級品です。