高山茶の製造工程は平地で採れるお茶と似ていますが、主に発酵度と焙煎がより軽めになります。製造工程には、茶摘み（採菁）、日光萎凋、室内萎凋、炒葉（炒青）、揉捻、解塊（解茶）、粗乾燥（初乾）、布包揉捻（布包揉團）、乾燥、仕上げ（精製）が含まれます。
茶摘み（採摘）：茶葉の良し悪しが高山茶の品質の8割以上を左右します。しっかりと管理された茶葉は、肉厚で葉脈がはっきりしており、ふっくらとしていて鮮やかな緑色をしています。一芯二葉に開いたものを晴天時に摘み取るのが最も高品質に仕上がります。摘み取った後は、圧迫による傷みを防ぐため、速やかに製茶工場へ運ぶ必要があります。
日光萎凋（曬青萎凋）：高山茶は日光萎凋、または温風萎凋を行います。高山地帯では午後に濃霧が発生しやすく、これが原因で日光萎凋が不十分になると、茶葉の甘みが引き出せなくなります。こうした事態を防ぐため、日照が不足している場合は温風萎凋に切り替えます。
室内萎凋：茶葉を室内に移動させ、工程中に適切に混ぜ合わせることで、発酵が均一に進むように促します。ここは茶葉の香りが生まれる重要なポイントであり、混ぜ合わせが不適切だと、発酵が過度に進んだり不足したりしてしまいます。長く混ぜすぎると発酵が進みすぎて雑味が生まれ、高山茶ならではの風味を覆い隠してしまい、逆に混ぜ方が足りないと青臭さが残ってしまいます。
炒葉（炒青）：茶葉を炒葉機に入れ、200〜250度で約90秒間炒ります。余分な水分を取り除き、茶葉を柔らかくし、発酵を止めることが目的です。
揉捻・解茶：揉捻の目的は、茶葉の汁をしぼり出すことです。揉捻後、茶葉が絡み合うため、これをほどく作業を解茶と言います。
初乾：茶葉を軽く乾燥させる工程で、茶葉を収縮させ、茶汁を茶葉の表面に定着させるのが目的です。これにより、高山茶を淹れた際においしさが湯に溶け出しやすくなります。
布包揉捻（布包揉團）：茶葉を半球状に成形するための工程です。布で茶葉を包み込み、しっかりと絞って巻き上げます。包んだ状態でしばらく静置した後、炒青機（加熱機）に入れ、再び布包み揉捻を繰り返します。これらの手順により、茶葉が引き締まり、丸みをおびた形状になります。
乾燥：乾燥機に入れ、水分量を約6%まで落とします。これにより、茶葉の保存性が高まります。
精製：茎や茶軸を取り除く選別や、火入れ（焙煎）などが含まれます。高山茶は、その豊かな高山の風味（高山韻）を引き立たせるため、一般的に軽めの火入れ、あるいは火入れを行わない生茶（不発酵ではなく未焙煎の意）の状態で仕上げられます。標高の高い産地ほど、火入れを行わない製法がよく見られます。